生物工程实验室是生物化学研究所进行生物工程相关试验项目的重要场所，同时也是生物制品专业化技术研究与中试公共服务平台所属实验室。承担药品生物技术专业及食品生物技术专业学生的课程实验教学及毕业论文、职业技能大赛等实践教学工作。该实验室也能够完成生物有效基因和植物蛋白质筛选、鉴定、验证的关键技术研发和相关实验等，并也能够独立完成生物制品有关研究项目。